В целях обеспечения функционирования системы страхования вкладов Агентство осуществляет выплату вкладчикам возмещения по  вкладам физических лиц, в том числе по вкладам индивидуальных предпринимателей, открытым для осуществления предпринимательской деятельности при наступлении страхового случая в отношении банка-участника системы страхования вкладов; ведет реестр банков-участников системы страхования вкладов; контролирует формирование фонда страхования вкладов, в том числе за  счет взносов банков; управляет средствами фонда страхования вкладов.